退職時に市民税を一括で納めたはずですが、納付書が届いたのはなぜですか。

市民税は所得税とは違い、「前年の所得（収入）」に対して課税されます。
たとえば、初めて就職した年は前年に所得がないので市民税を納める必要はありませんが、会社を退職された翌年は、前年に所得があるため市民税を納めていただく必要があります。

【具体例】
令和5年末に退職し、退職時に市民税を一括納付したあと、令和6年6月に納税通知書が届いた、という例を考えてみましょう。
この場合、退職時に一括納付したものは令和5年度の市民税（令和4年中の所得に対するもの）で、新たに届いたものは令和6年度の市民税（令和5年中の所得に対するもの）です。
市民税は6月で新しい年度に切り替わります。同一年度について二重に納めていただくことはありません。